2015年《昆仑山联合国教科文组织世界地质公园规划（2016-2025年）》 规划10处地质遗迹保护区。面积750.82km2，占公园面积10.67%。其边界根据地质遗迹评价级别、分布特点，以及自然地貌等因素划定。
　　一级保护区：
　　一级地质遗迹保护区总面积195.43km2，占公园面积2.78%。
　　（1）玉珠峰一级地质遗迹保护区，面积78.51km2，占公园面积1.12 %。主要保护地质公园内玉珠峰现代冰川的核心区；
　　（2）西王母瑶池一级地质遗迹保护区，面积38.74km2，占公园面积0.55%。主要保护西王母瑶池的水域；
　　（3）惊仙谷一级地质遗迹保护区，面积为41.20km2，占公园面积约0.59%。主要保护惊仙谷东侧的地震遗迹和冰缘地貌；
　　（4）玉虚峰一级地质遗迹保护区，面积为36.98km2，占公园面积约0.53%。主要保护玉虚峰现代冰川与冰缘地貌；

　　二级保护区：
　　二级地质遗迹保护区总面积290.14km2，占公园面积4.13 %。
　　（1）西大滩二级地质遗迹保护区，面积为125.44km2，占公园面积约1.78%。主要保护玉珠峰下的古冰川地貌，以及玉珠峰矿泉水水源地；
　　（2）西王母瑶池二级地质遗迹保护区，面积为155.80km2，占公园面积2.22%。主要保护瑶池周边的湖相沉积以及瑶池视觉影响区域；
　　（3）雪水河二级地质遗迹保护区，面积8.89km2，占公园面积0.13%。主要保护角度不整合界线、尖棱褶皱国家级地质遗迹与雪水河风景河段。

　　三级保护区：
　　三级地质遗迹保护区总面积264.62km2，占公园面积3.76%。
　　（1）野牛沟三级地质遗迹保护区，面积为127.76km2，占公园面积约1.82%。主要保护尚未开发的野牛沟内的辫状河、沼泽湿地、香炉峰等地质遗迹；
　　（2）野牛沟沙海三级地质遗迹保护区，面积为76.74km2，占公园面积约1.09%。主要保护公园内的规模较大的沙海等地质遗迹；
　　（3）纳赤台三级地质遗迹保护区，面积为60.12km2，占公园面积约0.84%。主要保护昆仑神泉、纳赤台冰碛物等地质遗迹。